W 2005 r. na Wydziale Nauk o Zdrowiu odbył się pierwszy nabór na studia położnicze I stopnia. W tym samym roku zmieniono też nazwę Instytutu Pielęgniarstwa na Instytut Pielęgniarstwa i Położnictwa.Działalność Wydziału odwołuje się także do przeszło stuletniej idei, a dziś już interdyscyplinarnej wiedzy, jaką jest zdrowie publiczne, kontynuując działalność Szkoły Zdrowia Publicznego powołanej w 1991 r. jako międzywydziałowa jednostka Akademii Medycznej i UJ. W 1997 r. Szkoła stała się Instytutem Zdrowia Publicznego. Pierwotnie kształcenie ratowników medycznych odbywało się w ramach specjalności na kierunku Pielęgniarstwo (pierwszy nabór w 2001 r.). Od 2004 r. wyżej wymieniona specjalność była realizowana w ramach kierunku zdrowie publiczne natomiast w 2007 r. odbyła się pierwsza rekrutacja na ratownictwo medyczne, jako odrębny kierunek studiów. 15 stycznia 2009 roku Zakład Ratownictwa Medycznego zastał wydzielony ze struktury Instytutu Zdrowia Publicznego i przekształcony w samodzielną jednostkę Wydziału. Na Wydziale Nauk o Zdrowiu od 1998 r. prowadzone jest również kształcenie na kierunku fizjoterapia. W 2001 r. w Krakowie zostało zawarte porozumienie pomiędzy Województwem Małopolskim a Uniwersytetem Jagiellońskim w sprawie podjęcia wspólnych działań dotyczących zmiany systemu nauczania w zawodzie technik fizjoterapii. W rezultacie tego porozumienia zwiększono prowadzony na Wydziale nabór na ten kierunek studiów, zlikwidowano Medyczne Studium Zawodowe nr 4 w Krakowie, a kształcenie w całości przejął Wydział.

Instytut Fizjoterapii skupiający jednostki stanowiące bazę dydaktyczną i naukowo-badawczą dla tego kierunku powołano w 2006 r. W związku z dynamicznym rozwojem diagnostyki obrazowej w Polsce i na świecie zaistniała potrzeba zwiększenia liczby wykwalifikowanej kadry obsługującej nowoczesną aparaturę diagnostyczną. Wychodząc naprzeciw takiemu zapotrzebowaniu Wydział Nauk o Zdrowiu, w ramach Instytutu Fizjoterapii, uruchomił kształcenie na kierunku elektroradiologia stwarzając tym samym  możliwość uzyskania absolwentom ciekawego, perspektywistycznego zawodu oraz znalezienia interesującego miejsca zatrudnienia. Utworzenie Wydziału było odpowiedzią na nową sytuację społeczno-ekonomiczną w Polsce w związku z reformą służby zdrowia i nowym rynkiem pracy. Zmiany te wymusiły ustalenie priorytetów w edukacji. Nowe spojrzenie na kształcenie pracowników służby zdrowia było wypadkową kilku czynników: nowej filozofii zarządzania w służbie zdrowia, przejścia od opieki medycznej do promocji zdrowia i prewencji chorób, silnego nacisku na podstawową opiekę zdrowotną oraz znacznego rozwoju technologii medycznej. Należało sprostać zapotrzebowaniu na wykwalifikowanych pracowników służby zdrowia, którzy mieli obsadzić pozycje menadżerskie wysokiego i średniego szczebla, a także zapewnić dopływ wyspecjalizowanego personelu medycznego (pielęgniarki, fizjoterapeuci, położne, ratownicy medyczni, inspektorzy sanitarni).