W trakcie swojej kariery zawodowej kierował zespołami naukowymi realizującymi zadania finansowane w ramach konkursów oraz w ramach rozbudowanej współpracy międzynarodowej. Z jego udziałem zostały zrealizowane liczne krajowe i międzynarodowe, wieloośrodkowe projekty badawcze, przy czym w tych ostatnich uczestniczył jako kierownik polskich komponent i w większości był członkiem komitetu sterującego. Do ważniejszych projektów należały: The WHO MONICA Projekt (projekt koordynowany przez Światową Organizację Zdrowia), cykl projektów EUROASPIRE II-IV oraz projekt EUROACTION (projekty realizowane z inicjatywy Europejskiego Towarzystwa Kardiologicznego), a także badanie HAPIEE (projekt realizowany we współpracy z zespołami z Wielkiej Brytanii i 4 krajów Europy Wschodniej, a także polskie projekty wielośrodkowe WOBASZ i WOBASZ 2. W ostatnich latach prof. Andrzej Pająk brał udział w projekcie realizowanym w ramach programu Komisji Europejskiej Horizon 2020, w którym stworzono zharmonizowaną bazę danych (Mega Data Set) pochodzących z 36 dużych badań kohortowych (w tym projektu HAPIEE) i opracowano wskaźnik zdrowia, który lepiej odzwierciedla wiek biologiczny od wieku kalendarzowego.

Wymienione powyżej badania prof. Andrzej Pająk realizował kierując zespołami naukowymi w ramach projektów finansowanych z grantów Komitetu Badań Naukowych i Narodowego Centrum Nauki, Fundacji Wellcome (UK), Fundacji MacArthur (USA), National Institute of Ageing (USA), INSERM (Francja), Europejskiego Towarzystwa Kardiologicznego oraz Unii Europejskiej (Programy PECO i Horizon 2020), natomiast wśród jednostek i zespołów naukowych z którymi współpracował w ramach projektów wieloośrodkowych można wymienić Narodowy Instytut Kardiologii w Warszawie, I Klinikę Kardiologii i Nadciśnienia Tętniczego CM UJ, CVD Unit Światowej Organizacji Zdrowia, Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego w Helsinkach (Finlandia), National Heart Blood and Lung Institute (USA), University of North Carolina at Chapel Hill (USA), London School of Hygiene and Tropical Medicine (UK), University College of London (UK), Imperial College of London (UK). Doświadczenia zdobyte w realizacji międzynarodowych projektów prof. Andrzej Pająk wykorzystał kierując projektem pt. ”Tworzenie regionalnych ośrodków referencyjnych prewencji chorób serca i naczyń na tle miażdżycy w zakresie strategii wysokiego ryzyka. Wprowadzenie zasad kontroli jakości i oceny skuteczności programów prewencji”, który w latach 2007-2009 był realizowany w ramach programu POLKARD Ministerstwa Zdrowia.

Rezultatem działalności prof. Andrzeja Pająka jest 478 publikacji w tym 326 publikacji oryginalnych w czasopismach. Łączny wskaźnik „Impact factor” wynosi 1012,621 (w tym 981,919 dla prac oryginalnych), a indeks MNiSzW równy jest 11956 (w tym 11217 dla prac oryginalnych). Łączna liczba cytowań prac wynosi 11373, w tym 10818 bez autocytowań. Indeks Hirsha wynosi 49. Dorobek prof. Andrzeja Pająka obejmuje udział w przygotowaniu 12 książek, rozdziałów w monografiach, komentarzy, listów do redakcji i innych publikacji oraz redakcję merytoryczną polskiej wersji „10 Rewizji międzynarodowej klasyfikacji chorób i problemów zdrowotnych”. Prof. Pająk jest wymieniony wśród 123 polskich naukowców prowadzących badania w zakresie medycyny (w tym 13, którzy zajmują się problemami chorób układu krążenia) na liście najczęściej cytowanych autorów prac naukowych („Updated science-wide author databases of standardized citation indicators”), opublikowanej przez Elsevier BV. Od wczesnych etapów zawodowej aktywności należał do krajowych i międzynarodowych towarzystw naukowych, w tym do Międzynarodowego Towarzystwa i Federacji Kardiologicznej (ISFC) i do Europejskiego Towarzystwa Kardiologicznego, w którym był sekretarzem zarządu Sekcji Epidemiologii Chorób Układu Krążenia. Najwięcej czasu poświęcił działalności w Sekcji Prewencji i Epidemiologii Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego, której był członkiem założycielem i pierwszym przewodniczącym (2005-2009). Sprawując tą funkcję zainicjował cykl corocznych konferencji pod wspólnym tytułem „Kardiologia prewencyjna, wytyczne wątpliwości i gorące tematy”, które współorganizuje do roku bieżącego.

Prof. Andrzej Pająk był promotorem w 13 przewodach doktorskich, a także recenzentem lub przewodniczącym komisji w 33 przewodach habilitacyjnych, 14 przewodach o nadanie tytułu profesora i w 15 przewodach o nadanie uprawnień. Przez dwie kadencje był członkiem Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów Naukowych. Cała 45-letnia działalność naukowa prof. dr hab. Andrzeja Pająka to przykład konsekwentnego, zaangażowania w rozwój wiedzy dotyczącej zwalczania chorób sercowo-naczyniowych poprzez opracowanie i wdrożenie metod zapobiegania. I w pełni zasługuje na miano jednego z pionierów kardiologii prewencyjnej w Polsce. Wyniki prac badawczych prowadzonych przez prof. Andrzeja Pająka zostały wykorzystane przy formułowaniu krajowych i europejskich zaleceń dotyczących prewencji chorób sercowo-naczyniowych, a także do walidacji nowego systemu oceny ryzyka sercowo-naczyniowego SCORE2, rekomendowanego przez Europejskie Towarzystwo Kardiologiczne i 12 innych europejskich towarzystw naukowych.